在零售藥店的市場機會和挑戰逐步增大之后，橫向整合已成為整個行業發展的主旋律。面對政策監管的加強、上游的擠壓和成本的上升等不利因素，不僅中小型零售藥店面臨較大的危機，大型連鎖也感受到了絲絲的寒意。應對挑戰最便捷的方法就是快速整合，通過做大盤子來推動行業地位的上升，最終獲得對各方的議價能力。
但進行并購整合并不容易，快速增加門店非常簡單，但如何將有效的管理體系貫徹到新并購的門店并能有效的執行會是一個巨大的考驗。無論是對小型的連鎖還是中型的連鎖進行并購，一方面將加劇自身資金的緊張，另一方面則會對利潤等造成很大的壓力，如何從并購、改造到融入將非常關鍵。
由于政策鼓勵零售藥店提高集中度、資本市場也追捧零售藥店的并購，在未來幾年內，零售藥店的并購將獲得較快的發展，但零售藥店仍面臨兩大風險，一是并購的后期整合將對大規模并購的推動者帶來一定的挑戰，二是并購消耗資金所帶來的財務風險。
首先，整合之后的管理運營風險及其應對。
第一，對于藥店并購來說，最大的挑戰還是人才，特別是管理層的配備。由于收購過來的藥店良莠不齊，企業文化的融合非常困難，而要原先的管理團隊完全接受收購方的要求難度是比較大的，因此派遣有執行能力的管理層進入被收購方是必不可少的，而這不僅僅是對原有高管的置換，更多的是需要填補進一步分中層管理人員和對原有中低層人員的培訓。對于展開大規模收購的公司來說，人才其實是最大的挑戰，能否將公司的戰略意圖和企業文化滲透下去，中層管理人員最為關鍵。
公司運營模式的貫徹、績效的提升和其他各類措施的推行，最終依靠的都是人才的整合。因此，藥店并購最容易忽視的就是自身人才的儲備和對被收購方的掌控。
第二，自身運營模式的總結和輸出。對于大型連鎖或場外并購方來說，一套完整而較為有效率的運營模式是并購后業績提升的另一個關鍵點。高效的運營是提升業績和控制風險的有效方法，中國的零售藥店在這方面雖然仍有很長的路要走，但從目前行之有效的模式中總結出一套方法并將其復制到被并購的藥店中去仍是提升整體整合能力的重要舉措。各大連鎖都有自身一整套完整的運營模式，這些模式都是基于目前的部分區域市場的成功而總結出來的。但是，中國市場非常廣闊，各地的需求并不一致，在某一地區的成功并不代表在另一個地區的成功，因此，在收購前后要對市場做出較為深刻的調研和總結，從而保證在收購后能夠將制度成功的移植并改造。
第三，風控體系的建設和輸出。零售藥店目前對風險認知較弱，整體的風控能力較弱，一旦遇到政策性風險和市場風險，難以有效的應對。特別是在醫改進一步深入和藥店對院外醫療服務的深入，這些都對目前的管理體系提出了挑戰，風控體系的建設就成為必不可少的。
其次，財務風險及其應對。在展開大規模并購的同時，連鎖藥店會面臨大規模的資金消耗，這將吞噬利潤，但更關鍵的是會對現金流產生影響，從而制約自身的并購繼續展開。因此，現在已經上市的藥店都通過在二級市場增發等手段來籌集資金，而未上市公司則主要通過和大型基金或戰略投資者進行合作，從而保證自身的現金流充沛。
不過，在經濟下行的周期，雖然寬松的預期總體未改，存在所謂的資產荒，但是，經濟基本面未改，一旦外圍市場出現大幅波動，勢必將影響到資金面，從而傳導到并購領域，不僅將制約整體并購的展開，也會對目前的市場并購可能的預期帶來影響，從而帶來較大的風險。因此，在面對可能的財務風險方面，強運營和強風控將是根本，做好已完成收購藥店的運營，保證這些門店的現金流持續并減少可能的風險沖擊。另一方面，在收購的時候不能對自身的資金鏈產生過大的壓力，否則一旦資金鏈面臨問題，即使是強現金流的藥店也無法挽回可能的沖擊。
當然，藥店領域的并購目前并不是非常激進，各家公司總體還是力求穩健，這與藥店領域的優質資產較為分散有關，市場集中度較低的情況下開展并購會比較緩慢。不過，這種緩慢是暫時的，隨著標的日益集中，未來的并購將呈現加速度的狀態，最終推動行業的大規模洗牌和規范。
